另外有关刑部方面，大中朝立国之初，因为肖天健没有找到合适的人选，所以刑部尚书之职便暂时空缺，但是这方面的事情却并未停滞下来，他将之前俘获的孙传庭，任命为刑部侍郎，暂时领刑部之事，因为大中朝新立，尚未颁布大中朝的律法，故此大中朝辖域之内便继续以前朝的大明律为依据，进行判罚。
这对于肖天健来说，在以前没有时间关注这件事的时候，还可以接受，但是现如今北方已经暂时平定，大明实质上已经覆亡，所以大中朝作为新朝，却还使用前朝的律法，在他回到南京城有了时间之后，便是他不可接受的。
故此在肖天健一经返回南京之后，便着令刑部官员集中起一批熟知律法之人，全力投入到了新朝律法编修之中，经过两个多月几十个能吏的共同努力之下，一部在大明律基础上重新修改编制的大中律便基本上被制定了出来。
这一部大中律业已呈交到了肖天健手中，肖天健仔细观看了一番之后，提出了一些修改意见，虽然这部大中律，比起之前的大明律更加详细实用了一些，但是远没有后世的法律详细，而且没有刑法和民法之分，但是在这个时代，仓促之间，要效仿后世颁布一系列的法典，也是不现实的。
所以考虑到许多事情是要循序渐进才能逐步推行的，肖天健还是在年前的时候，朱批了这部大中律，下旨开始印刷刊行，年后下发各部以及地方官府给官员们熟悉并且提出意见进行最后修改，并且决定在年后三月间正式启用，弃用之前使用的大明律。
考虑到时间仓促，其中肯定还有许多不完善之处，所以肖天健朱批的时候，特意将这部大中律加上了“暂行”二字，推行使用之后，发现不足之处，今后再进行修改，逐步的进行完善。
而且肖天健还下旨，将这本大中律发放各地之后，令人抄写成布告，择地张贴出来，对全部民众进行公示，派人每日进行宣讲，让民众在推行此法之前，也初步了解此律，并以此来规范个人行为，省的到时候推行起来，很多人不知道。
再者，肖天健认为，古代地方行政官员权力太过集中，职责不清，所有民务全部一把抓，虽然有主薄、县丞、捕头、衙役等辅助人员，但是在司法上权力也太过集中，许多官员，虽然通过科考录用，但是以明代推行的科举考试，读书人所学的面很窄，很多官员根本就不了解律法，主持一些刑罚之事，很容易出现冤假错案，而且还是一个人说了算，也很容易滋生贪、腐之事。
故此肖天健认为，行政权力不能太过集中，司法权要相对于独立，而且司法权也不能太过集中，要对其进行分权，成立类似后世的警察、检察官、法官相互制约的机制。
而且还有一个更重要的原因，就是现如今大中朝许多地方已经平定下来，先前虽然肖天健已经很注意让军方不要过多干涉地方政务，但是在混乱的情况下，军方肯定是需要先以武力平定地方，然后才能将权力交给行政官员，一旦地方局势平定下来，军方便不能再干涉地方政务。
现如今已经被大中朝掌控的各地局势正在逐步的平定，地方上的一些缉捕盗贼抑或是民间纠纷之事，就不能再依靠军队出面了，于是地方必须要有一个强力部门来完成这些事情，否则的话地方行政官员就不得不依靠军队，对于今后国家执政很不利，也很容易让一些军官干涉到地方政事。
而古代对于地方治安，在明朝主要是各州县下面的捕头以及捕快来行使这样的职权，所以肖天健和诸臣商议之后，决定还是先在一些局势已经平稳的州县，恢复地方武力，来接替军方暂时行使的权力。
明代州县都设有捕头带领一些捕快来干这种事，但是这些人朝廷官府却不发工资，每年也不过只有十两“工食银”，这些人生活便只能自己想办法来解决，故此明代捕快们对于地方危害很大，多要通过敲诈勒索之事，来满足他们的生活。
恢复这样的制度，肖天健肯定是不会干的，所以他思量了一下之后，考虑到警察乃是后世的称谓，决定还是定一个全新的称呼，于是大中侦捕房这个类似于后世警察局的部门，便全新出炉。
侦捕顾名思义，侦就是侦办各种案件，捕便是负责缉捕犯人，基本上概括了他们的职责，（不想使侦缉队这个名字，侦缉队在民国时期，名声太臭了！）这么一来，连带以前州县的仵作，也归入到侦捕房之中，而且这些人的费用支出全部都由国家财政负责，每人每月都有薪资可以领取，这样一来，他们便可以用薪资来养家糊口，不必非要靠着敲诈勒索收取贿赂来维持生计了，一定程度上可以控制他们的行为，虽说表面上国家负担增加了不少，可是实质上却还是对于国家有很大的好处。
同时这个举措的推出，也让最基层的吏员们高兴坏了，大明的官俸并不高，工资也就是发到县官、主薄、县城一级，当官的要自己掏腰包，养活一班子手下，本来明代官俸就在历朝历代里面最薄，当官的还要自己养手下，另外还要养家糊口，还想要过体面的生活，于是当官的不想办法搂钱，就真是见鬼了！所以在明代想要当一个清官，是非常难的，海瑞据说当官的时候，还差点把他老娘饿死！可见的这样的制度并不适合。
于是明代官吏们为了生活，便只能通过各种手段想办法敛财，于是地方官便花样百出的推出了各种潜规则，比如说臭名昭著的折色银，淋尖踢斛等手段便纷纷出现，让老百姓对此是深恶痛绝。
当初朱元璋也痛恨贪官污吏，对贪官采取了极其严苛的手段进行惩罚，甚至于剥皮实草，可是贪官却怎么都杀不绝，割韭菜一般的割一茬又一茬，贪官们也前赴后继，继续干！这也是一个重要原因。
基层官吏可以通过各种实权敛财，高级官员自然也不甘示弱，处处伸手，到了明末崇祯年间，锦衣卫和东厂的权力被削弱之后，官员们敛财更是肆无忌惮了起来，朝廷开始的时候也不是拨不出粮饷，可是户部拨发下去的粮饷，经过官吏和军将们的层层盘剥之后，到当兵的手中，已经所剩无几了，这也是明军战斗力不强，另外还有大批明军干脆直接造反的原因之一。
大中朝既然新立，这方面的事情，便不能再重蹈大明的覆辙了，所以肖天健虽然手头不宽裕，可是对于官吏和兵将们们的俸禄，却绝不吝啬，各级官员所定薪俸都相当高，而且减少官员之间的等级差距，让官吏们凭借着所领的薪俸，便足以养家糊口，过上比较体面的生活。
虽然高薪养lian不见得就是治理官吏贪fu的终极办法，可是一定程度上，也让有点良知的官吏们不会再像以前那样横征暴敛中饱私囊了，再加上监察院暗访使流动到各地监察，大中朝官吏们想要贪墨，就要冒很大的风险。
肖天健的想法很明确，老子给你们钱花，让你们有钱花，还能过的不错，但是如果你们这些官吏，还敢伸手的话，那么对不起，老子再杀你们的时候，就用不着客气了！
这也是变相的提高了官吏们的犯罪成本，既然在生活有保障的情况下，再伸手他们就先要考虑一下，一旦被抓住，抄家问斩对于他们来说值得不值得了！监察院说白了，也就是类似后世香港的廉政公署，专门收拾那些无良官吏，再加上今后推行司法独立制度，肖天健相信通过各种手段，还是可以控制官吏贪fu的问题的。
侦捕房的设立，并不是一句话的事情，这些人不但要身手矫健，而且这些人在入职之前，全部都要先让人对其宣讲大中律，另外肖天健还下旨，重新大量刊印宋代法医专家宋慈所著法医专著《洗冤录》下发地方，供各级侦捕房人员以及仵作学习之用，省的这帮家伙都是粗人，办出太多的蠢事。
警察的问题解决了，那么下一步就是检察官和法官的问题了，这一点肖天健决定从上至下进行改革，类似法院的东西，古代也不是没有，大理寺其实就是相当于国家最高法院，所以肖天健就现在大理寺下手，令大理寺今后便执掌审判之事，名为大理寺，实质上行的便是后世的法院之职，人员也都以熟悉法学之人充任，职权独立，不受任何人干涉，名义上只对皇帝负责，拥有完全独立的审判权力，省的各级官员动辄就插手干涉审案之事。
而且肖天健决定，将大理寺先设置到地方的府一级地区，今后条件好了之后，再朝州县一级铺开。
这一下法院系统也就建立了起来，接着肖天健便又在刑部下设置了司狱系统，这个司狱古来有之，就是专司执掌牢狱之事，所以不算是新创，不过却要在全国今后建立起专门的监狱，以供罪犯服刑之用。
犯罪的人，该杀的杀，罪大恶极之人，还是判处凌迟，这在这个时代，这种酷刑还是有存在的必要的，毕竟人权这东西，现在还没人提出来，肖天健也认为，有些混账东西，刮了都不解恨，所以他并未废止凌迟之刑！另外判处死刑的，也可以斩首，罪责轻一点的也可以判绞刑，总之根据犯罪轻重，死刑方式也进行区分。
对于那些罪不至死的罪犯，就判决活刑，活刑之中，又分为徒刑和体罚之刑，体罚类的刑罚，肖天健下旨废除了割鼻、挖眼、割耳朵、穿面这一类的酷刑，而是改为了鞭挞。
肖天健很欣赏后世新加坡的鞭刑，认为通过这样的鞭刑，也可以惩治一些犯错之人，让他们体验到犯罪的可怕，今后不敢轻易再犯，但是割掉鼻子、耳朵，就太残酷了一些，所以他便以鞭挞之刑，替代了这些使人致残的酷刑。
徒刑就好说了，肖天健决定，对原来的徒刑加以改善，在各地设置类似于后世的监狱，让判刑的犯人进入到监狱之中服刑，这么一来，可以集中罪犯，来充当免费劳役，集中起来干一些活，比如说国家出资的修河堤、修路、开垦农场、开矿之类的事情，让这些罪犯去干，还是比较合适的！省的还要白花钱养活他们，劳动力是要充分的利用起来的。
但是肖天健没有彻底取消流刑，因为他又另外的打算，今后大中朝肯定是要开疆拓土的，这一点他坚信不疑，而且今后开拓的疆土，肯定生存条件会相对恶劣，单单靠着鼓励汉人移民，先期难度很大，所以一些犯人便可以判处其流刑，先期将他们发放到边远之地负责开拓和建设基础设施，当边远之地基础条件好了之后，再鼓励大批移民，而这些被判流刑之人，刑满之后，便就地安置，不得返回原籍，使之成为边远之地的原住民，以此可以加强大中朝中央对于边远地方的控制力。
于是通过这一番调整之后，刑部的权力被扩大很多，也将地方行政官员的审案权力收归到侦捕房和大理寺和司狱这三个强力部门共同构架起来的独立司法系统之中，为以后大中朝的长治久安，先打下基础。
本来肖天健还想立即推出检察官的制度，但是考虑到时下这件事推行还不成熟，检察官完全是一种全新的事务，即便是西方，也是在很久之后，才有这种制度的，所以考虑再三之后，肖天健暂时没有推行检察官制度，但是这并不代表今后不会推行，反正今后他会专门设置一个司法学院，来培养这些司法人才，条件成熟之后，再推行也不迟！总之他就一个想法，那就是今后大中朝必须要逐步从人治社会，转变到法治社会，这样才能保证国家的长治久安。